Hierarchy For Package fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop

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Class Hierarchy

• java.lang.Object
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.AbstractModule (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.Module)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.AbstractFilterAndMapReadsModule
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.FilterAndMapReadsHadoopModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.AbstractReadsFilterModule
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.ReadsFilterHadoopModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.AbstractReadsMapperModule
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.ReadsMapperHadoopModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.AbstractSAM2BAMModule
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.SAM2BAMHadoopModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.AbstractSAMFilterModule
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.SAMFilterHadoopModule
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.HadoopBamUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.HadoopMappingUtils
  • org.apache.hadoop.mapreduce.Mapper<KEYIN,VALUEIN,KEYOUT,VALUEOUT>
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.PreTreatmentMapper
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.ReadsFilterMapper
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.ReadsMapperMapper
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.SAMFilterMapper
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.PairedEndFastqToTfq
  • org.apache.hadoop.mapreduce.Reducer<KEYIN,VALUEIN,KEYOUT,VALUEOUT>
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.PairedEndFastqToTfq.FastqPairedEndReducer
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.PreTreatmentReducer
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.SAMFilterReducer
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.SAMHeaderHadoopUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.SAMHeaderHadoopUtils.SAMHeaderWriter